Im Gegensatz zu anderen Effektgeräten beeinflusst die "FreqBox" nicht das Audio-Eingangssignal um eine veränderte Version der Tonquelle zu erzeugen. Anstelle des Effektsignals tritt ein analoger VCO, der vom Eingangssignal moduliert wird - ein sogenannter "Audio-modulierter VCO". Das Ergebnis ist eine Vielzahl von Effekten, welche sonst nur mit komplexen, modularen Systemen möglich wären.

Die "FreqBox" akzeptiert Geräte mit Line-Pegel-Signal. Das Signal wird durch eine Treiberschaltung stark verzerrt, läüft dann durch einen spannungsgesteuerten Mischer (Nutz-/Effektsignal Balance) und einer Ausgangspegelregelung um die Balance zwischen Effekt- und Eingangssignal aufrecht zu erhalten. Die VCO Sektion bietet Frequenz und Wellenform Steuerung und - wie alle Moogerfooger Effekte - können diese Parameter auch mit den EP-1 Expression-Pedalen angesteuert werden. Der Sync-Schalter erlaubt entweder einen freilaufenden Oszillator oder einen vom Eingangssignal getriggerten Oszillator für Hard-Sync-Effekte. Der VCO der "FreqBox" kann auch vom Eingangssignal frequenz-moduliert werden. Ein eingebauter Envelope-Follower und die Möglichkeit den Mischer anzusteuern verbessern ebenfalls die klanglichen Ergebnisse.